Θέλοντας να δει την μνηστή του «ίδίοις ὄμμασι» νεκρή, πήγε στο τάφο νύκτα, την ξέθαψε και την πήρε στην αγκαλιά του. Φιλοσοφίσας το, εκ των Μακαρισμών της Νεκρωσίμου Ακολουθίας, τροπάριο «ἐξέλθωμεν καί ἴδωμεν ἐν τοῖς τάφοις ὅτι γυμνά ὀστέα ὁ ἄνθρωπος σκωλήκων βρῶμα καί δυσωδία », χωρίς να πει τίποτε σέ κανένα, εγκατέλειψε τις φροντίδες του μάταιου κόσμου, έγινε μοναχός στη Νέα Μονή της Χίου και επιδόθηκε σε ασκητικούς αγώνες.
Με την ευλογία του γέροντός του ανέβαινε στην κορυφή του Πενθόδους όρους, άναβε την κανδήλα και γενικά φρόντιζε το εκεί ερειπωμένο ναΐδριο του Αγίου Αποστόλου και Ευαγγελιστού Μάρκου. Κάποια στιγμή, «θείᾳ βουλήσει», ανακάλυψε ένα σπήλαιο στην Ν.Α. πλευρά του όρους, όπου αποφάσισε να ασκητέψει. Εκεί έζησε νηστεύων, αγρυπνῶν και προσευχόμενος νύκτα και μέρα.
Ο Κύριος, βλέποντας τους πνευματικούς του αγώνες, τον αντάμειψε με πολλά πνευματικά χαρίσματα μεταξύ των οποίων και το διορατικό. (Προείπε τον μεγάλο και φοβερό σεισμό της Χίου το 1881 μ.Χ.). Σύντομα η φήμη του εξαπλώθηκε και το ερειπωμένο ναΐδριο του Αγίου Μάρκου εξελίχθηκε σε Σκήτη, όπου ο Παρθένιος με τους υποτακτικούς εξασκούσε τα μοναχικά του καθήκοντα.
Όλος ο κόσμος συρρέει από τα διάφορα μέρη του νησιού για να ακούσει τα μελίρρυτα λόγια του και να ζητήσει την ευχή και την ευλογία του. Ο αείμνηστος Καθηγητής Λάζαρος Ζανάρας, κατέγραψε, χωρίς την θέληση του Οσίου, ότι ο Όσιος Παρθένιος επετέλεσε εν ζωή πολλά θαύματα.