Ο Ιωακείμ όμως, φλεγόμενος του πόθου της μοναχικής ζωής, εγκατέλειψε γονείς και αρραβωνιαστικιά και έγινε μοναχός στο Μοναστήρι της Χρυσοπηγής, που βρίσκεται πάνω από το χωριό Δίβρη του νομού Ηλείας. Στο Μοναστήρι της Χρυσοπηγής ο Άγιος έφθασε σε μεγάλα ύψη αρετής και αγιότητας, ώστε κρίθηκε άξιος από τον Ηγούμενο της Μονής για να λάβει το μέγα αξίωμα της Ιεροσύνης. Ζώντας έτσι ταπεινά μέσα στην αδελφότητα, μετά την κοίμηση του Καθηγούμενου της Μονής, εκλέγεται Ηγούμενος.
Εν συνεχεία πήγε στη Μονή των Νοτενών, που βρίσκεται κοντά στη γενέτειρά του και τιμάται απ’ ονόματι της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, και έγινε Καθηγούμενος της. Δεν παρήλθαν, όμως, πολλά χρόνια και, φλεγόμενος από τον πόθο της ησυχίας, παραιτήθηκε από το αξίωμα του ηγουμένου, και αποσύρθηκε σε κάποιο σπήλαιο, που υπήρχε κοντά στο Μοναστήρι.
Στο μικρό εκείνο σπήλαιο, ο όσιος επιδόθηκε σε σκληρή άσκηση, με διαρκείς προσευχές, νηστείες και αγρυπνίες, υπομένοντας κάθε σκληραγωγία και στενοχώρια της ασκητικής πολιτείας, προκειμένου να καθαρίσει τον εαυτό του από τα πάθη και να γίνει εύχρηστο σκεύος του Αγίου Πνεύματος. Η τροφή του ήταν χυλός αλεύρου βρασμένου με μέλι, ή άγρια χόρτα βρασμένα.
Οι μεγάλοι του πνευματικοί αγώνες ήταν κρυφοί, γιατί φοβόταν ότι «η φανερή αρετή χάνεται, καθώς ο θησαυρός ο φανερός κλέπτεται». Έτσι όλες τις νύκτες κοιμόταν όρθιος, κρεμασμένος με σχοινιά από τις μασχάλες του, έχοντας εμπρός του ένα Τετραευάγγελο ανοικτό.
Αν και όταν εντελώς αγράμματος, εν τούτοις τόσο πολύ κατανοούσε την Αγία Γραφή και τα συγγράμματα των θείων Πατέρων, ώστε και ο τότε Μητροπολίτης Παλαιών Πατρών, Παρθένιος Ε' (1750-56 και 1759-70 μ.Χ.), ο οποίος ήταν πολύ πεπαιδευμένος στην ελληνική σοφία, καταδεχόταν να πηγαίνει σ’ αυτόν και να τον συμβουλεύεται.
Έτσι, λοιπόν, ζούσε και αγωνιζόταν όλες τις ημέρες της ζωής του ο όσιος Ιωακείμ, έως ότου έφθασε «εἰς ἄνδρα τέλειον, εἰς μέτρον ἡλικίας τοῦ πληρώματος τοῦ Χριστοῦ» (Εφ. δ΄ 13), περί τα μέσα του 18ου αιώνα μ.Χ. Τότε, καταλαβαίνοντας την ώρα της εκδημίας του, κάλεσε τους πατέρες της Μονής και τους νουθέτησε πως να πολιτεύωνται και να ζουν εν ειρήνη, κατά το μοναχικό τους πολίτευμα. Έπειτα, αφού έκαμε το σημείο του Σταυρού, είπε: «Εἰς χεῖράς σου, Χριστέ, παρατίθημι τὸ πνεῦμά μου», και έτσι απέπνευσε. Ενταφιάσθηκε ευλαβώς στον νάρθηκα του Ιερού ναού, στο μοναστήρι.
Τρία χρόνια μετά την κοίμηση του οσίου (ή σύμφωνα με άλλες πηγές δέκα χρόνια μετά), ο ανωτέρω Μητροπολίτης Παλαιών Πατρών θέλησε να κάνει την ανακομιδή των Λειψάνων του. Ένας, όμως, από εκείνους που έσκαβαν, τραβώντας απρόσεκτα, έβγαλε κομμένο από τους ώμους το δεξιό χέρι του Οσίου με όλο το κρέας και το δέρμα του. Τότε εξεπλάγησαν όλοι και άρχισαν προσεκτικά να βγάζουν με τα δάκτυλα το χώμα από τον τάφο, έως ότου το υπόλοιπο σώμα του αγίου βγήκε όλο ακέραιο, πλήρες ευωδίας, και κατά κάποιον τρόπον στάθηκε όρθιο, όπως εκείνο του αγίου Σπυρίδωνος.
Τότε η φήμη του Ιερού Λειψάνου διαδόθηκε παντού και πολλοί χριστιανοί έτρεχαν σ’ αυτό, άλλοι μεν χάριν προσκυνήσεως, άλλοι δε για να ιατρεύσουν τα πάθη τους, και αμέσως λάμβαναν την θεραπεία τους. Και όχι μόνον οι χριστιανοί, αλλά και πολλοί τούρκοι πήγαιναν, και θεραπεύονταν από τον Άγιο.
Μετά από λίγα χρόνια, κατά την μεγάλη επιδρομή των Τουρκαλβανών στον Μωρέα, μετά την αποτυχημένη εξέγερση των Ορλωφικών (1770 μ.Χ.), «κρίμασιν οἷς οἶδεν ὁ Κύριος», το ιερό Λείψανο διαλύθηκε και η Αγία Κάρα του Οσίου κλάπηκε μαζί με άλλα πολύτιμα αντικείμενα της Μονής.
Σήμερα στην Ιερά Μονή των Νοτενών σώζονται λίγα Λείψανα από το ιερό σκήνος του οσίου Ιωακείμ του Νέου, που ευωδιάζουν και κάνουν διάφορες θεραπείες στους πιστούς, ενώ εμπρός από το σπήλαιο, στο οποίο ασκήτευε, έχει οικοδομηθεί εκκλησία επ’ ονόματί του, όπου και η μνήμη τιμάται με λαμπρότητα.
Αποτμήματα του Ιερού Λειψάνου του Αγίου φυλάσσονται στις Μονές Νοτενών Αχαΐας και Χρυσοπηγής Δίβρης Ηλείας. Η Ορθόδοξη Εκκλησία εορτάζει τη μνήμη του Αγίου στις 3 Ιουλίου.